چهار برادر لاک‌پشت که زندگی خود را صرف یادگیری نینجوتسو کرده‌اند، پس از سال‌ها پناه‌گرفتن از دنیای انسان‌ها در فاضلاب‌های شهر نیویورک، راهی سطح شهر می‌شوند تا به عنوان نوجوانان عادی پذیرفته شوند؛ دوست جدیدشان اپریل اونیل به آنها کمک می‌کند تا با یک سندیکای جنایتکار و ارتشی از جهش‌یافته‌ها مقابله کنند...
